Il Museo svolge ricerche che seguono due principali indirizzi: quello degli studi sistematici (campo tradizionale di ricerca dei Museologi) e quello degli studi sul territorio Veronese che hanno preceduto la richiesta di conoscenza e protezione dell'ambiente oggi così largamente diffusa. Ed ancora è in corso lo studio multidisciplinare della poco conosciuta area del Monte Pastello presso Verona, zona particolarmente ricca di endemismi. Tutta l'attività di conservazione e ricerca si avvale di fruttuose e importanti sinergie con organismi statali, quali Università e Ministeri, la Regione Veneto, la Provincia ed altri enti e musei nazionali ed internazionali; ciascuno di queste istituzioni vede nel Museo di Storia Naturale di Verona un attivo ed acceditato partner per molteplici progetti.